インボイス経過措置、2026年10月に70%へ縮小。まだ登録していないフリーランスエンジニアが今のうちに考えるべきこと

「インボイス、まだ登録してないけど今のところ困っていない」——そんなフリーランスエンジニアの方も多いのではないでしょうか。実際、免税事業者のままでも取引先は仕入税額控除の一部を使えるため、すぐに取引を切られるような事態にはなりにくいのが実情です。

ただし、その「一部を使える」割合が、2026年10月からじわじわと縮小していきます。この記事では、そもそも登録すべきかどうかの基礎解説ではなく、今後のスケジュールがどう変わり、それが発注側の判断や自分の手取りにどう影響してくるかという一点に絞って整理します。

訂正後の正しい経過措置スケジュール

なお、免税事業者からインボイス発行事業者に転換した個人事業者向けの「2割特例」の適用終了時期（2026年分の申告＝2027年3月申告分まで）自体は今回の改正による変更はありません。2割特例が終わったあとの負担軽減策として、上記の経過措置期間が2年延長された、という位置づけです。

出典：令和8年度税制改正大綱の解説（小谷野税理士法人）

控除率の縮小は、発注側企業の判断にどう影響しうるか

ここが今回の本題です。控除できる割合が下がるということは、発注側企業からすると「免税事業者に消費税分を含めて支払っても、その分を仕入税額控除として取り戻せる割合が減る」ということを意味します。

具体的にイメージすると、免税事業者であるあなたに月額80万円（消費税込み想定）を支払っている企業がいたとして、その中に含まれる消費税相当額のうち、2026年9月までは80%を控除できていたものが、10月以降は70%しか控除できなくなります。控除できない差額分は、発注企業にとって単純にコスト増になります。これが30%、0%と進んでいけば、発注企業側の実質負担はさらに増えていきます。

この構造の変化が、次のような形で表面化する可能性があります。

• 単価交渉の材料にされる：控除できない分を考慮して、免税事業者への発注単価の見直しを打診される
• 適格請求書発行事業者への登録を条件にされる：新規契約や契約更新のタイミングで、登録済みであることを取引条件にする発注企業が増える
• 発注そのものが登録済み事業者に寄っていく：同条件のエンジニアが複数いる場合、控除メリットの大きい登録済み事業者が選ばれやすくなる

もっとも、これは「必ずそうなる」というものではありません。発注企業の経理処理や取引規模、業界慣行によって温度差は大きく、実際にはこれまで通り気にせず取引が続くケースも十分に考えられます。あくまで「控除率が下がるほど、そうした動きが起きやすくなる構造がある」という理解にとどめておくのが実態に近いでしょう。

「まだ登録していない」フリーランスが今のうちに考えるべき損益分岐

結論を急ぐ必要はありませんが、経過措置の縮小スケジュールが見えている今だからこそ、次の3つの軸で一度整理しておくと、後で慌てずに済みます。

1. 主要取引先が経過措置の影響を受けやすい業態かどうか

取引先が法人課税事業者で、かつ経理上の消費税処理をシビアに管理している企業（大手SIer、上場企業の受託開発部門など）ほど、控除率の縮小を単価交渉や取引条件に反映しやすい傾向があります。逆に、免税事業者や簡易課税事業者が主要取引先であれば、そもそも経過措置の影響を受けにくく、急いで動く必要は薄いといえます。

2. 控除率の低下ペースと、自分の値上げ交渉力を比べる

70%→50%→30%→0%という縮小は、2028年、2030年、2031年と数年おきに進みます。裏を返せば、まだ数年の猶予があるということでもあります。「今すぐ登録するか」ではなく、「次の控除率引き下げのタイミング（2028年10月）までに、単価交渉や登録判断をどう進めるか」というスケジュール感で捉えるのが現実的です。

3. 登録した場合の納税負担と、登録しない場合の値下げ圧力を比較する

登録すれば消費税の申告・納税義務が発生します（2割特例などの負担軽減措置の期限は別途確認が必要です）。一方、登録しない場合は、将来的に取引先から値下げや取引条件の見直しを打診される可能性があります。どちらのコストが自分にとって大きいかは、売上規模や取引先構成によって変わるため、一律の正解はありません。「今のうちに」できるのは、この比較を一度数字で試算しておくことです。

【最新情報】経過措置スケジュールを一次情報で再確認（2026年9月時点）

本記事で紹介している「仕入税額控除の経過措置」のスケジュールについて、令和8年度税制改正（2年延長後）の内容を複数の専門家サイトの解説記事をもとに再確認しました。現時点で確認できた最新スケジュールは以下の通りです。

※控除割合の判定は請求書の発行日や支払日ではなく、課税仕入れを行った日（商品の引渡しを受けた日・役務の提供が完了した日）を基準に行われます。

※なお、2026年10月以降の70%・50%・30%控除については、同一の免税事業者等からの課税仕入れが年間で税込1億円を超える場合、その超過分には経過措置が適用されない点にも注意が必要です（該当するケースは限定的ですが、法人取引などでは念のため確認しておくと安心です）。

今すぐ使える無料テンプレート・チェックリスト

こうした控除率の見直しに備えるうえでは、日々の取引を早めに整理し、
仕入税額控除の対象を正確に把握しておくことが実務上の負担軽減につながります。
本記事で紹介したマネーフォワード クラウド確定申告を使えば、
適格請求書発行事業者かどうかの管理や仕入税額控除の計算も含めて、
記帳から申告までの流れを一つの画面で整理できます。
制度の切り替わりを控えたこの時期こそ、早めの見直しをおすすめします。

まとめ：制度は一気に変わらない。だからこそスケジュールを味方にする

2026年10月の70%控除への切り替えは、インボイス制度が「一気に厳しくなる」瞬間ではなく、あらかじめ示されたロードマップの一段階にすぎません。とはいえ、控除率が下がるたびに発注側の判断に影響が及ぶ可能性がある以上、「まだ対応していないから今すぐ焦る」のではなく、「次の節目である2028年10月までに何を確認しておくか」という視点で準備しておくことが、今のうちにできる一番現実的な備えです。

制度の詳細な適用条件や、自分のケースでの試算については、国税庁の最新情報や顧問税理士への確認をおすすめします。